Zur Gewinnung von Erdwärme mit immer tieferen Bohrungen werden u.U. mehrere Gesteins- und Wasserschichten durchbohrt. Daher wird befürchtet, dass Wasser aus tieferen Schichten in die Grundwasserschichten eindringt.
Geothermische Anlagen werden nicht als offene Brunnen, sondern mit einem geschlossenen Wasserkreislauf betrieben, d.h. die zugehörigen Bohrungen werden nach dem Einbringen der Zirkulationsleitungen komplett mit Stahlrohren oder Zement ausgekleidet. So kann das Tiefenwasser nicht ins umliegende Erdreich eindringen und Grundwasser verändern.